نظراً إلى أن تقنية التصوير بالرنين المغناطيسي حديثة نسبياً فإن آثارها على المدى البعيد غير معروفة حتى الآن. وليس لدينا أسباب تدعو إلى توقع وجود أي تأثير ضار. بسبب احتمال وجود آثار على المدى البعيد يجب أن تتجنب المرأة الحامل إجراء التصوير بالرنين المغناطيسي والحقن بالمادة المُلوّنة إلا في الحالات الاضطرارية حيث تكون الفوائد المنتظرة أكبر من الخطر المحتمل على الجنين. لا يُسمح للمرضى الذين لديهم "ناظِمة قلبية" أو "صمامات قلبية صناعية" بأن يقتربوا من جهاز التصوير بالرنين المغناطيسي بسبب وجود المغناطيس الضخم فيه. لا يجوز أن يُجري المرضى الذين لديهم "مَلاقط أمّ الدَم الدماغية" تصويراً بالرنين المغناطيسي إلا إذا كان لديهم ما يُثبت أن هذه الملاقط لا تتأثر بالمغناطيس. وإذا كان لدى المريض أي شك في وجود جسم معدني مزروع في أي مكان من جسمه فعليه أن يُخبر الفنيين المتخصصين بالأشعة عنه، لأنهم يستطيعون إجراء فحص بالأشعة السينية للمنطقة التي يعتقد أن الجسم المعدني مزروع فيها للتأكد من وجوده قبل إجراء التصوير بالرنين المغناطيسي. إن المرضى الذين يُحتمل وجود أجسام معدنية صغيرة في أجسامهم هم الأشخاصالعاملون في لِحام المعادن أو الأشخاص الذين تعرضوا للإصابة بالرصاص أو بشظايا القنابل. لا يجوز للمرضى الذين توجد أجسام معدنية صغيرة في أجسامهم بالقرب من العين أو من الأوعية الدموية إجراء التصوير بالرنين المغناطيسي.